عملية تتم على عدة مراحل، في البداية يتم تنشيط المبيض بأدوية لأنتاج عدد كبير من البويضات وبعد ذلك يتم سحب البويضات وهي كاملة النضج ثم يتم حقن البويضات بالحيوانات المنوية ووضع الاجنة المخصبة داخل حضانات واخيرا ارجاع الاجنة الصالة داخل الرحم
الحالات التي ينصح بها اجراء الحقن المجهري :
1. انسداد قناة فالوب
2. ضعف الحيوانات المنوية
3. العقم غير معروف السبب
4. بطانة الرحم المهاجرة
5. قلة الحيوانات المنوية